Las reservas naturales fluviales no son más que cauces o corrientes naturales en los que la actividad humana no ha alterado su estado natural. La cuenca hidrográfica del Guadalquivir tiene siete reservas naturales fluviales:
Rivera de Huelva
La rivera de Huelva, situada en la provincia del mismo nombre, tiene siete cauces (arroyo del Buenvino, barranco del Pueblo, arroyo del Guijarro, barranco de los Perrales, barranco del Madroño, barranco de Corterrangel y Fuente del Castaño), y el río discurre por el fondo de un valle estrecho que atraviesa terrenos con pendientes suaves.
Arroyo Bejarano
El arroyo Bejarano, en la provincia de Córdoba, tiene cuatro cauces principales (arroyo Bejarano, La Aguardentera, Fuente de las Parrillas y Cortijo del Bejarano) y tiene una vegetación variada, desde zarzales hasta espinares. El río desciende en rampa por un cauce en el que abundan las arenas y que es, en su mayoría, recto.
Río Montoro
El río Montoro, que nace en la provincia de Ciudad Real, tiene un cauce sinuoso que discurre por un valle con suaves pendientes, con un lecho rocoso o de arenas y gravas, según el tramo. La planta más características de este río es el tamujar de Securinega tinctoria, y no tiene especies invasoras que amenacen su ecosistema.
Río Guadalora
El río Guadalora, provincia de Córdoba, tiene dos cauces (arroyo de Guadalora y arroyo del Tinte) y presenta diversas características, ya que cruza por zonas de pizarras, calizas, arenas y conglomerados. Su lecho se caracteriza por tener cantos y gravas, y la vegetación varía según la zona, siendo más abundante en los tramos bajos.
Ríos Salobre y Angorrilla
La cabecera de los ríos Salobre y Angorrilla (o Arjonilla), que nacen en la provincia de Albacete, tiene tres cauces, llamados río Angorrilla, río de las Crucetas y río del Ojuelo, destacando el tramo denominado Estrecho del Hocino y la parte alta del Angorrilla por su riqueza geológica.
Río Guadalentín
El río Guadalentín atraviesa las provincias de Jaén y Granada y cuenta con cinco cauces (río Guadalentín, arroyo de la Rambla, barranco de la Media Hanega, arroyo de los Tornillos y arroyo Frío) y discurre por el fondo de un valle con tramos sinuosos, que atraviesa el Parque Natural de Cazorla, Segura y las Villas.
Nacimiento del Genil
El río Genil cuenta con seis cauces (arroyo Covatillas, río Vadillo, arroyo de Vacares, río Valdeinfierno, río Guarrión y arroyo de San Juan) y discurre, en su mayor parte, por el Parque Nacional de Sierra Nevada. El curso del río está en el fondo de un valle, y cuenta con vegetación propia de la alta montaña en algunos tramos, y fresno en otros.
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